實時熒光定量 PCR 分析的部分實施需要經過優化以確保所有反應參數均設置精確，從而獲得準確的結果。如果出現了引物二聚體，有許多方法可以減少或消除反應中的引物二聚體。

1、首先是優化熱循環條件，這主要是提高退火溫度。大多數情況下，兩步循環 (由 95°C 變性步驟直接進入60°C 退火和延伸步驟) 有利于強效擴增，因此引物設計時設定的成功退火溫度為 60°C。 

2、可降低引物濃度，甚至采用不同的正向引物和反向引物的比值也有一定的幫助。大多數情況下，每條引物的理想最終濃度為 200 nM，但如有需要，可將濃度降至 60 nM。 

3、鎂的最佳濃度一般約為 3 mM。高于此濃度易形成引物二聚體。

4、如果未對引物形成二聚體的傾向進行評估，則應補充評估并考慮重新設計 (如有需要)。通常情況下，最好使用熱啟動 DNA 聚合酶，并在冰上進行反應。

5、在理論上，針對同一靶點應同時檢測多個引物組。這實際上可以節省大量時間，因為如果這些引物中的一個能立即發揮作用，則可以減少花費在優化過程上的時間。