1．閾值可疑范圍的設定
一般酶標儀閾值矩陣設定可設定陰性、可疑、陽性3個范圍。有經驗表明可疑范圍的設定要設定為臨界上下15％（也稱灰色區）為宜；同時陰性范圍下限和陽性范圍應該充分考慮到影響ELISA結果因素的存在，可疑范圍上限必須考慮到雙波長情況下出現負吸光度值和超范圍報告影響結果的可能性。“灰色區”的結果的真實性是ELISA定性測定中zui需要把握的環節，也是實驗室引起醫療糾紛的主要方面，因此必須對可疑結果進行復檢，用兩種試劑盒。

2．樣本名字文件設定
由于部分試驗的所測樣本不一定是連續，樣本命名顯得尤為重要。同時應做到樣本名字文件與吸光度值文件保持一致，這樣若以后再調出吸光度文件時，樣本名字文件可自動同時調出；若大批量樣本時應對不同微孔板編號區別（以文件后綴形式）。

3．樣板程序文件設定
一個實驗室同一試驗可能使用不同廠家試劑盒，但不同試劑盒規定的設定對照數量、閾值判定標準等均可能不一致，酶標儀所設樣板程序也不一致。為了使用方便，可在樣板程序文件中用后綴加以區別。

4．記錄管理
隨著我國法律的不斷完善，人們的法制觀念不斷增強，建立健全原始記錄十分重要和必要。原始記錄不僅是儀器打印出來的數據，還應記錄試劑盒廠家、批號、效期、質控物來源、批號、效期、檢測者、復核者等相關內容，同時可用原始記錄進行資料分析，更好地開展工作。但要注意的是原始記錄不宜保存在電腦內，應打印后裝訂保存。