多種實驗結果已證實，該技術具有很高的敏感性，但是如掌握不好也可帶來很高的背景染色，可有多種因素影響到zui終產物在酶結合位點的沉積，這是因為這個沉積過程是一種復雜的化學反應和物理變化的綜合結果。Breininger等（2000）認為，在ELF的反應過程中很容易形成假的熒光結晶，使FISH信號減弱，引起非特異性結晶沉積在組織細胞表面，造成背景信號。

實驗結果證實，只要延長ELF反應時間，就可以避免背景染色。

解決的辦法主要有：
①商品化試劑盒內提供一種延時試劑；
②在顯色液中加入4％PVP；
③顯色時間控制在15～30min內。