上海士鋒生物通過別構調節酶識別生物體內別構調節系統

【資料簡介】

zui近研究數據表明，大多數的蛋白質都有其特定的代謝物，而與之相關的這些作用是參與新陳代謝和基因調控的。但是，至今為止，還沒有一個較為完善的辦法來系統的鑒別這些別構作用。基于此，在這篇文章中，研究人員提供了一個有效的途徑，可以通過一些動態的代謝數據來識別機體內的這些別構調節作用。

研究人員通過每30秒更換一次大腸桿菌的培養條件，即在含有丙酮酸鹽和13碳標記的果糖或者葡萄糖的培養基中轉換培養，研究人員測得了糖酵解途徑中的逆轉通量和相關代謝物濃度的變化，然后研究人員通過整合數據和構建糖酵解途徑的動力學模型，系統地測試了126種可能的調節方式以及其對代謝產生的影響。研究人員zui后確定了糖酵解，糖逆生之間的可逆調節作用，這里面就包括與丙酮酸鹽激活果糖-1,6 -二磷酸酶相關的一個別構調節作用。因此，這篇文章中提供的方法就是通過假定別構調節酶活性的方式，然后通過系統測試，來測試出zui有可能的酶活性調節方式，zui后根據這些信息，來進一步推測這些別構蛋白的功能。

原文摘要：

Systematic identification of allosteric protein-metabolite interactions that control enzyme activity in vivo

Hannes Link, Karl Kochanowski,Uwe Sauer

Recent data suggest that the majority of proteins bind specific metabolites1, 2 and that such interactions are relevant to metabolic and gene regulation3, 4, 5. However, there are no methods to systematically identify functional allosteric protein-metabolite interactions4, 6. Here we present an experimental and computational approach for using dynamic metabolite data to discover allosteric regulation that is relevant in vivo. By switching the culture conditions of Escherichia coli every 30 s between medium containing either pyruvate or 13C-labeled fructose or glucose.