中藥材農藥殘留檢測通過檢測，有效推進基原、產地、種植過程、采收和產地加工、包裝貯藏等過程生產的科學化和規范化發展，逐步建立中藥材、中藥飲片、中成藥生產流通使用等全過程質量控制，逐步實現中藥重點品種來源可查、去向可追、責任可究，促進產業規范化、標準化、規模化發展。
中藥材農藥殘留檢測的方法：
1、色譜法：
氣相色譜法（GC）：利用氣體作為流動相的一種分離分析方法，適用于易揮發、熱穩定的農藥檢測。具有高靈敏度、分離效率高等優點，但樣品前處理過程較為復雜，且對于一些熱不穩定或難揮發的農藥檢測效果不佳。
高效液相色譜法（HPLC）：以液體為流動相的分離分析方法，適用于分析高沸點、大分子、強極性和熱穩定性差的化合物。可以分析一些氣相色譜難以檢測的農藥，如有機磷類中的某些熱不穩定成分。
超臨界液體色譜法（SFC）：利用某些流體在超臨界情況下可增強某些物質的溶解性的特點檢測農藥殘留情況，可對復雜混合物進行分析，且具有一定的高效性。
2、質譜法：
氣質聯用（GC-MS）：氣相色譜作為分離系統，將樣品中的農藥分離成單個組分，然后進入質譜儀進行定性和定量分析。兼具色譜的分離能力和質譜的定性功能，能夠對農藥進行準確的定性和定量分析。
液質聯用（HPLC-MS）：液相色譜負責分離樣品中的農藥，分離后的組分進入質譜儀進行離子化和檢測。同樣具有高靈敏度、高選擇性和強大的定性能力。
免疫分析法：利用抗原或抗體特異性結合反應檢測各種物質的分析方法，具有特異性強、靈敏度高、方便快捷的優點，適用于現場分析。但抗體的制備較為復雜，成本較高，且一種抗體通常只能檢測一種或一類結構相似的農藥。
其他方法：如薄層色譜法（TLC）、毛細管電泳法（CE）、生物傳感器法等，也可用于中藥材農藥殘留的檢測。
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