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南京沃博生物科技有限公司

深度解析基于Cas12/13蛋白反式切割活性的即時檢測技術

時間:2025-5-26閱讀:20

CRISPR-Cas系統作為原核生物的適應性免疫系統,其第2類系統(如Cas12、Cas13蛋白)通過向導RNA(gRNA)識別靶標核酸后,會激活非特異性的“反式切割活性”,即對周圍單鏈核酸(ssDNA或RNA)進行無差別切割。這一特性被巧妙轉化為分子診斷工具:通過設計攜帶熒光淬滅基團或顯色基團的報告探針,靶標核酸的存在會觸發Cas蛋白切割探針,釋放可檢測信號(如熒光、顏色變化),從而實現從核酸識別到信號轉換的高效耦合。 

與傳統分子診斷技術(如PCR)相比,基于反式切割活性的檢測方法具有三大核心優勢: 

1. 高特異性:gRNA的靶向識別機制確保了單堿基錯配的分辨能力; 

2. 免復雜設備:等溫擴增(如LAMP、RPA)與Cas蛋白反應可在單一溫度下完成,無需熱循環儀; 

3. 信號放大潛力:單個Cas蛋白分子可切割多個探針分子,實現信號的指數級放大,顯著提升檢測靈敏度(檢測限可達attomolar級別)。 

二、CRISPR-Cas技術與側向流動試紙:可視化POCT的主流平臺  

側向流動試紙(LFD)因操作簡便、成本低、結果可視化,成為CRISPR-Cas技術在POCT中zuichengshu的應用形式。其核心原理是將Cas蛋白反應與試紙條的層析顯色結合:靶標核酸經等溫擴增后激活Cas12/13的反式切割活性,切割帶有shengwusu或熒光標記的探針,釋放的產物與試紙條上的捕獲探針結合,形成肉眼可見的條帶。 

1. 關鍵技術與代表性系統  

SHERLOCK/DETECTR系統:早期經典平臺,前者利用Cas13檢測RNA,后者利用Cas12檢測DNA,均通過熒光信號讀取,但需配套儀器。后續改進版本引入側向流動試紙,實現無儀器肉眼判讀。 

多重檢測技術:如正交CRISPR-Cas系統(OC-MLFA),通過Cas12a與Cas13a的切割偏好差異,在單條試紙實現多個靶標獨立顯色,避免信號干擾(如Su等檢測SARS-CoV-2不同變異株)。 

適配體與納米技術整合:Zhuang等將Cas12a與表面增強拉曼光譜(SERS)結合,在微流控紙基裝置上實現鼠傷寒沙門菌的超靈敏檢測,檢測限低至10 CFU/mL。 

2. 應用領域拓展  

病原體檢測:從病毒(如xinguanbingdu、HPV)到細菌(如耐jiayangxilinjinhuangseputaoqiujun)、寄生蟲(如瘧原蟲、弓形蟲),覆蓋感染性疾病的快速診斷。例如,Wei等的RPA-Cas12a平臺通過試紙條直接檢測惡性瘧原蟲,無需核酸提取步驟,15分鐘內出結果。 

非核酸小分子檢測:Jiang等開發的Bio-SCAN V2系統,利用配體響應性crRNA結合dCas9-shengwusu,將小分子(如chajian)的檢測轉化為試紙條顯色,檢測限達2 μmol/L。 

3. 挑戰與優化方向  

穩定性問題:試紙條在高溫高濕環境下易失效,需優化凍干工藝和保存條件(如添加穩定劑)。 

多重檢測瓶頸:試紙條空間有限,多靶標檢測時易出現交叉反應,需通過正交Cas蛋白或空間分隔設計提升兼容性。 

定量精度不足:肉眼判讀依賴經驗,需引入智能手機圖像分析或色度計實現半定量。 

三、比色法:基于納米材料的可視化信號放大  

比色法通過設計Cas蛋白切割觸發納米顆粒(如金納米顆粒AuNPs、氧化石墨烯GO)的聚集或分散,導致溶液顏色變化,實現肉眼可見的檢測。其核心優勢是無需儀器、成本極低,適合資源匱乏地區。 

1. 核心機制與納米探針設計  

AuNPs聚集顯色:未切割時,AuNPs表面修飾的DNA探針互補結合,保持分散(紅色);Cas蛋白切割后,探針釋放,AuNPs聚集為藍色,顏色變化與靶標濃度正相關(如Yuan等檢測沙門菌)。 

G-四鏈體/酶催化反應:Chen等將Cas12a與G-四鏈體DNA酶結合,切割后釋放G-四鏈體激活辣根過氧化物酶(HRP),催化底物顯色,檢測副溶血性弧菌的檢測限低至3×10³ CFU/mL。 

2. 多樣化應用場景  

病毒與癌癥檢測:Gong等利用鏈置換擴增(SDA)聯合Cas12a,通過AuNPs比色法檢測乙肝病毒DNA,肉眼可分辨10?拷貝/mL;Feng等將Cas12a與滾環擴增(RCA)結合,檢測肺癌標志物EGFR 19del突變,30分鐘內完成。 

食品安全與遺傳病:Chen等開發Cas14a介導的比色法檢測黃曲霉毒素B1,結合磁性納米顆粒分離靶標,檢測限達0.1 ng/mL;Choi等利用AuNP輔助熒光增強,無需擴增直接檢測BRCA-1基因突變,30分鐘內完成循環游離DNA分析。 

3. 技術瓶頸與突破方向  

環境干擾:光線強度、觀察者主觀差異影響顏色判讀,需建立標準化比色卡或引入智能手機光譜分析算法(如Xie等的MagicEye軟件)。 

靈敏度限制:依賴納米顆粒的物理化學性質,需結合等溫擴增(如RPA、LAMP)進一步提升信號放大效率。 

四、微流控技術:集成化與自動化的前沿陣地  

微流控芯片通過微米級通道整合核酸提取、擴增、Cas蛋白反應及信號檢測,實現“樣本進-結果出”的全流程自動化,是POCT向高通量、多參數檢測發展的關鍵平臺。 

1. 核心優勢與技術整合  

多步驟一體化:Qin等的微流控芯片集成RT-LAMP擴增與Cas13a檢測,5分鐘內完成埃博拉病毒RNA檢測,檢測限5.45×10?拷貝/mL,體積僅硬幣大小。 

電化學與熒光檢測結合:Najjar等開發的芯片同時檢測xinguanbingduRNA(Cas13a熒光信號)和宿主抗體(ELISA電化學信號),通過LAMP預擴增提升靈敏度,適合疫情現場的雙指標監測。 

2. 代表性應用案例  

HIV即時檢測:Huang等的“差異表達”芯片利用磁流體驅動樣本轉移,避免氣溶膠污染,配套便攜式加熱裝置,結果可通過手機APP讀取,檢測窗口期縮短至感染后2周。 

多重耐藥菌檢測:Dai等的單管RPA-Cas12a系統集成到手掌大小反應器中,通過便攜式陣列檢測器分析幽門螺桿菌保守基因,15分鐘內完成從樣本到結果的全流程。 

3. 挑戰與未來方向  

成本與量產:芯片制造依賴光刻技術,單價較高(約10-20美元/片),需開發低成本材料(如紙基、PDMS)和簡化工藝流程。 

樣本前處理:復雜生物樣本(如血清、糞便)需高效純化,需集成微型濾膜或磁珠分離模塊,提升抗干擾能力。 

五、智能手機與便攜式設備:構建個性化檢測網絡  

智能手機的普及推動了POCT的“平民化”,通過攝像頭成像、光譜分析或定制APP,將手機轉化為便攜式檢測儀;而專用設備(如血糖儀、3D打印可視化器)則進一步拓展了檢測場景。 

1.智能手機輔助檢測  

圖像識別算法:Zheng等開發的HPV分型檢測平臺,設計便攜式熒光成像模塊,手機拍照后通過卷積神經網絡(CNN)分析條帶強度,定量精度達95%以上。 

化學發光與比色結合:Chen等的G4CLCas平臺利用手機成像盒捕獲化學發光信號,檢測核酸和非核酸靶標(如心肌肌鈣蛋白I),檢測限低至10?¹² mol/L,適合床旁急診檢測。 

2.專用便攜式設備  

血糖儀改造:Huang等將Cas12a反應與葡萄糖氧化酶偶聯,將病毒核酸信號轉化為葡萄糖濃度變化,利用商用血糖儀讀取,實現xinguanbingdu的定量檢測,檢測范圍10²-10?拷貝/mL。 

3D打印可視化器:Ma等開發的便攜式裝置結合CRISPR-Cas12a與上轉換熒光粉,非專業人員可通過手機APP分析熒光信號,檢測小分子污染物(如kanameisu),檢測限達1 pmol/L。 

3.技術難點與優化策略  

硬件標準化:不同手機攝像頭靈敏度差異導致結果偏差,需開發通用型光學適配器(如濾光片、微距鏡頭)。 

數據管理與傳輸:檢測結果的云端存儲與實時共享需解決隱私保護問題,可引入區塊鏈技術確保數據安全。 

六、總結與展望:從實驗室到臨床的轉化之路  

CRISPR-Cas系統憑借反式切割活性,已從基因編輯工具轉型為分子診斷的“萬能平臺”,在POCT中展現出三大核心價值: 

1. 技術通用性:同一套Cas蛋白框架可適配核酸、蛋白、小分子等多種靶標,僅需更換gRNA和報告探針; 

2. 場景兼容性:從基層醫療(如瘧疾快速檢測)到疫情防控(如xinguanbingdu分型)、食品安全(如沙門菌篩查),覆蓋全場景檢測需求; 

3. 成本效益比:單測試劑成本可控制在1-5美元,遠低于傳統分子診斷(如qPCR約10-30美元)。 

然而,技術轉化仍面臨多重挑戰: 

標準化體系缺失:不同平臺的檢測限、特異性差異較大,需建立統一的性能評價標準(如WHO體外診斷試劑基準); 

非核酸檢測瓶頸:針對蛋白、代謝物等靶標,需開發高效的信號轉換模塊(如適配體Cas蛋白偶聯系統); 

監管與倫理:便攜式設備的居家使用可能引發檢測結果誤判,需配套患者教育體系和遠程醫療支持。 

未來發展方向將聚焦于: 

1. 多技術融合:微流控芯片整合CRISPR-Cas與AI圖像分析,實現全自動、高通量檢測; 

2. 材料創新:開發可降解紙基芯片、凍干型Cas蛋白試劑,提升設備便攜性和存儲穩定性; 

3. 診療一體化:結合CRISPR的基因編輯功能,構建“檢測-干預”閉環(如現場檢測耐藥基因后精準用藥)。 

隨著技術迭代與監管完善,基于CRISPR-Cas的POCT有望成為精準醫療的“最后一公里”解決方案,為全球傳染病防控、癌癥早篩和個性化醫療提供普惠性技術支撐。 

相關產品:
RPA試劑盒及試紙條系列:

貨號

產品

規格

B8201C1

DNA恒溫快速擴增試劑盒(DNA基礎型)

48T

B8202C3

DNA恒溫快速擴增試劑盒(DNA熒光型)

48T

B8203C5

DNA恒溫快速擴增試劑盒(DNA試紙條型)

48T

B8204C7

RNA恒溫快速擴增試劑盒(RNA基礎型)

48T

B8205C9

RNA恒溫快速擴增試劑盒(RNA熒光型)

48T

B8206C0

RNA恒溫快速擴增試劑盒(RNA試紙條型)

48T

JY0209

雙靶標HybriDetect側向層析試紙條(彩虹型)

50T

JY0201

單靶標HybriDetect側向層析試紙條(彩虹型)

50T

JY0307

CRISPR單酶切及擴增產物檢測試紙條

50T

JY0301

CRISPR Cas12/13 HybriDetect試紙條

50T

JY0308

CRISPR雙酶切檢測試紙條(變色龍)

50T

 

Cas酶系列

貨號

包裝規格

中文名稱

32108-01

100 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32108-03

1,000 pmoL

LbCas12a (Cpf1)

32117-01

100 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32117-03

1,000 pmoL

LwaCas13a (C2c2)

32118-01

100 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32118-03

1,000 pmoL

AapCas12b (C2c1)

32119-01

100 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32119-03

1,000 pmoL

Un1Cas12f1 (Cas14a1)

32104-01

100 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

32104-03

1,000 pmoL

AsCas12a (Cpf1)

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100 pmoL

AacCas12b (C2c1)

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1,000 pmoL

AacCas12b (C2c1)

32106-01

100 pmoL

FnCas12a (Cpf1)

32106-03

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FnCas12a (Cpf1)

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100 pmoL

Lb5Cas12a (Cpf1)

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Lb5Cas12a (Cpf1)

32101-01

100 pmoL

SpCas9

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1,000 pmoL

SpCas9

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100 pmoL

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1,000 pmoL

Sp-dCas9

32120-01

100 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

32120-03

1,000 pmoL

Sp-nCas9(H840A)

 

 

 

 

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