一項研究顯示，微生物對新生小鼠腸道的早期定植與之后小鼠身體對系統細菌感染的抵抗力有著密切關系。這表明，在出生時接觸抗生素會改變免疫細胞的發育并削弱宿主對感染的防御。

腸道中的共生微生物可以提供能夠促進免疫細胞發育的信號。先前研究發現，延長新生兒接觸抗生素的時間會妨礙微生物的定植，而且會增加遲發性膿毒癥的患病風險。

上海滬宇等人發現，新生小鼠在子宮孕育期和出生后接觸3到5種抗生素的臨床組合的時間延長，會削弱其對大腸桿菌K1和肺炎克雷伯菌感染導致的膿毒癥的抵抗力。在出生后不久，腸道微生物一般會引發血液中的中性白細胞（控制大腸桿菌感染的一種重要免疫細胞類型）的發育和移動。在圍產期接觸抗生素會減少中性白細胞數量的前期上升。受過抗生素治療的小鼠體內的微生物的轉移會增加血液循環和骨髓中的中性白細胞數量，從而恢復小鼠對大腸桿菌導致的膿毒癥的抵抗力。

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