免疫沉淀（immunoprecipitation，IP）是利用抗體特異性反應純化富集目的蛋白的一種方法。抗體與細胞裂解液或表達上清中相應的蛋白結合后，再與蛋白A/G（ProteinA/G）或二抗偶聯的agarose或Sepharose珠子孵育，通過離心得到珠子-蛋白A/G或二抗-抗體-目的蛋白復合物，沉淀經過洗滌后，重懸于電泳上樣緩沖液，煮沸5-10min，在高溫及還原劑的作用下，抗原與抗體解離，離心收集上清，上清中包括抗體、目的蛋白和少量的雜蛋白。

    傳統的瓊脂糖微球是多孔的，這使得它們具有高的表面積與蛋白質相互接觸，并可以容納大量的液體。在純化大量蛋白的時候，傳統的瓊脂糖微球是的選擇。免疫沉淀（IP）-利用結合在微球上的抗體將溶液中的目標蛋白質拉下來。過去，我們很自然地使用瓊脂糖微球，因為這是我們的習慣。但對IP來說，多孔的結構會帶來如下問題：

1）抗體被困在孔內，難以洗去，因此需要大量的洗滌來降低背景。

2）免疫沉淀的洗滌是在微量離心管中進行的，液體之間的交換通過移液槍來完成，很容易丟失樣品。

3）微球上的抗體與目標蛋白接觸的慢，需要長的孵育時間。

4）長的孵育時間及大量的洗滌導致目標蛋白的機械及生物（蛋白酶水解）損失。

所有這些變化意味實驗結果可能并不能如我們所愿進行復制。

    現在，科學家在IP實驗中，更傾向于使用磁性微球，而不是瓊脂糖微球。因為磁性微球能夠解決上述的所有問題。磁性微球不是多孔的，有磁性，這意味著：

1）沒有使抗體藏在深處的隱藏表面，所需的洗滌次數減少。

2）微球上的抗體與目標蛋白很快接觸，孵育時間減少。

3）少的洗滌次數及快的孵育時間意味著目標蛋白被蛋白酶水解的機會減少。

4）磁力架快速分離沉淀和上清液，從而降低了丟失樣品的機會。節約了操作時間，使操作更自動化。

操作中變量的減少使得實驗很容易再復制。

比較了磁性微球和傳統瓊脂糖微球在IP中的應用，你更傾向于選擇哪種呢？

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