有機胺類殺菌劑廣泛地用來控制冷卻水中的微生物，具有殺菌作用強，能殺死大多數微生物，還有相當良好的滲透能力和分散能力，與大多數水質穩定劑和處理劑中的化學藥劑相容，能在較寬的PH值范圍內使用，以及對魚類等的毒性小，易降解，較少的環境污染等優點。其中季銨鹽應用范圍廣并具有典型性。
季銨鹽的突出特點是它能穿透黏泥和污垢，因此特別適用于產生黏泥和在污泥下滋生厭氣菌的滅殺，5-20mg/L的氯化烷基甲基銨（DBA）就能有效地控制硫酸鹽還原菌的危害。季銨鹽具有分散能力，在使用過程中發泡，能將殺菌時剝離下來的黏泥分散帶出，在旁濾池中過濾除去或隨排污水而帶出。
常用的非氧化性殺菌滅藻劑有以下幾種：雙氯酚、二氧氰基甲烷、異噻唑啉酮、十二（1227，苯扎氯銨、潔爾滅）、十二烷基溴化銨（苯扎溴銨、新潔爾滅）等。
   在水處理工藝中，在反滲透裝置運行中都應根據實際情況做應變處置。在對內蒙古某電廠進行風險評估時，該廠停爐保護僅做熱爐放水處理，按照通常情況是遠遠不夠的，但是認可該對策。當電廠人員詢問是否應該采取成膜等保護措施時指出，對于地處沙漠與干旱地區的該廠來說，由于當地相對濕度常年低于40% ，采取熱爐放水已經能起到良好的停爐保護作用，無需采取更多的停爐保護措施，對于活性炭過濾器來說，只要壓差合乎規定，CODMn去除率不低于30 %，無需更多的維護。